1. 산업기능요원은 제조업/IT 분야의 중소 기업(병무청 승인 받은 기업)에서 뽑힌 뒤에, 주어진 기간 동안 해당 기업에서 일하는 것으로 대체 복무를 하는 것입니다. (해고될 시에는 본인이 다시 기업을 구해서 취직해야 함.)
근데, 각 기업마다 정해진 TO가 있어서 이 TO를 넘겨서 산업기능요원을 선발할 수 없는데, 이 TO 산정 시 4급은 제외입니다. 그래서 4급은 이직 등을 할 때 더 수월한 편입니다. 

그리고 1~3급은 복무 기간도 꽤 길고 (34개월) 
4급은 상대적으로 복무기간이 짧습니다. (23개월)

그리고 IT 분야 제외하면 1~3급은 해당 중소 기업의 분야에 해당하는 자격증이 있어야 하는데, 4급은 자격증 필요 없습니다. 
월급은 기관에서 정하되, 노동자로서의 지위를 인정받아 근로기준법은 지켜야 합니다. 


2. 전문연구요원은 연구/IT 분야의 중소 기업(병무청 승인 받은 기업) 또는 연구소 또는 대학원 박사 학위 과정 수료자 중에서 해당 기관에서 3년 동안 근무하는 것을 조건으로 대체 복무하는 것입니다. 
이 경우에도 각 기관별로 TO가 있는데, 4급은 TO 산정에서 제외합니다. 
그리고 대학원에서의 전문연구요원은 그냥 대학원생과 다를 게 없습니다. 다만, 출퇴근을 해야 하고, 조기 졸업과 정식적인 수업 수강이 불가능하다는 정도가 있죠. 

4급은 학사 학위만 받고 전문연구요원이 될 수 있고, 1~3급은 석사 학위를 받아야 전문연구요원이 될 수 있긴 하지만, 연구 분야는 실력과 학벌, 학력이 중요하기 때문에 이 차이는 실질적으로 큰 의미가 없는 것 같습니다. 

월급은 기관에서 정하되, 노동자로서의 지위를 인정받아 근로기준법은 지켜야 합니다.

현역병이나 사회복무요원은 대부분의 분야에서 경력으로 인정되지 않지만, 산업기능요원과 전문연구요원은 해당 분야에서 경력으로 인정되고 현역병과 달리 사회복무요원처럼 민간인 신분이니까요.

대충 의대생 입장에선 공중보건의사할래, 졸업하기 전에 미리 현역병이나 사회복무요원(의무병 말고) 할래?

와 비슷합니다.

근데, 님은 왜 전문연구요원 안 하셨나요?

학업 중단되면 복학할 때 힘들다고 하던데.