발사 당시, 발사장 주변의 날씨가 좋지 않았다. 지상 스탭 중에는 중지를 주장하는 사람도 있었지만, 관제센터는 발사를 강행했다.

발사 수십초 후, 번개가 Francis I를 직격해, 사령선의 전력이 끊기는 상황이 발생했다.

다행히 이런 일이 있을 줄 알고 대처방법을 찾아내뒀던 관제 센터의 담당요원 존 애런이 "SCE를 Aux로!"라고 지시했고, 조종사인 앨런 빈이 이에 따라 시스템을 복구했다.

덕분에 무사히 달을 향해 떠날 수 있었다. 천만다행으로 벼락이 Francis I의 유도 컴퓨터를 고장내지 않았기에 큰 문제가 없었다.

루나 6호는 이전의 LS-2가 방문한 폭풍의 바다에 착륙했고 31시간의 달 체류를 끝으로 달을 떠나 지구로 무사히 귀환했다.