지구는 연방과 지온은 서로 군을 형성해 이미 왜 개전했는지는 모두가 아는 상태로 콜로니 규모의 전쟁을 1년 동안 이어왔다. 그 1년 전쟁의 말기, 지온군의 모빌슈츠인 자쿠 플리퍼는 아군의 기지를 강습한다는 알 수 없는 작전에 참가하게 된다. 작전 중 플리퍼는 통합정비계획이라 불리는 지온군 최고기밀을 보게 되어 군에게 쫓기는 신세가 되고 마을과 마을, 콜로니와 콜로니를 전전하며 전장을 방황한다. 도주와 싸움을 반복하며 음모와 스노 속으로 빠져들게 된 자쿠 플리퍼는 이윽고 자신의 개발에 관한 비밀의 핵심을 추적하게 되는데….