지금껏 괴수를 지휘해온 '관측형 서브프로그램' 이라는 적은 괴수와는 달리 말을 하며 항복권고를 하지만 드라이 레온하르트는 이를 무시, 적을 후퇴시킨다.

하지만 워프 중 발생한 전투에 의해 기함 테라브레이커는 변동중력원 외벽에 파묻히게 되고 함대로부터 이탈, 알 수 없는 항성 근처에 도착한다.

인류의 우주세기는 게이트라는 이동수단에 의해 시작됐다. 인공블랙홀, 변동중력필드의 개발로 인해 '워프' 라는 초공간 이동기술을 손에 넣고 외우주에 진출에 성공하며 이를 기념하기 위해 새로운 우주력이 도입된다.

우주력 99년도에 와서 외우주는 지구세력과는 전혀 다른 4개의 세력 신인류혁명동맹, 루인, 휴먼 얼라이언스, 이노베이션 엠파이어로 분화되고 이들은 지구세력과 적대하며 자체적인 기술과 문명을 구축하였다. 이후 4대세력은 개척과 전쟁에 의한 기술개발과 발전의 절정, 인류 최고의 번영의 시대를 맞이한다

우주력 123년 이노베이션 엠파이어의 영역 중 아이단 행성에서 최초로 괴수라는 생명체가 나타난다. 이노베이션 엠파이어는 괴수를 대수롭지 않게 여겼지만 급속도로 성장한 괴수들은 재밍 성능을 가진 자밀기관과 수억 단위의 물량을 앞세워 공격했고 곧 이노베이션 엠파이어는 붕괴한다. 뒤이어 신인류혁명동맹마저 괴수의 공격에 무너지고 이후 루인과 휴먼 얼라이언스마저 공격하며 100여년간의 대전쟁시대에 돌입한다.

대전쟁시대동안 인류는 인구수가 전쟁 전 1/5 이하로 줄어들었고 블랙홀 엔진 건조기술을 포함한 4대 세력 시절 대부분의 기술을 잃는다.

반대로 괴수측은 인류의 기술을 흡수하며 세력을 늘렸고 특히 소형노심기술을 활용한 상위괴수를 생산할 수 있게 되어 인류와의 전쟁에서 결정적인 우위를 점할 수 있었다.

인류는 그나마 전력을 보존하고 있는 휴먼 얼라이언스를 중심으로 하여 연합의회를 설립하나 단순한 전력 연합으로 괴수에 대한 공동대응이 미흡했다. 이에 신인류혁명동맹의 전투병 출신인 다비드 레온하르트가 전쟁 중 공을 거듭해 의회 진출, 연합 의회에 발언권을 얻으며 중앙 의회가 주관하는 대 괴수 전담부대 'AE'를 발족, 전 성계의 인재와 기술을 강제징집하여 'AE' 가 탄생한다.

하지만 계속되는 패배와 괴수의 행성침식에 의해 멸망직전까지 몰린 의회는 행성들을 버리고 인류의 모든 기술과 로스트테크놀로지의 잔해를 집결하여 자급자족이 가능한 대규모 생활이민함선 '아이온'을 개발, 대규모 타은하 탈출계획을 꾸민다

우주력 229년 마더나이트라는 정체불명의 인물이 의료지원단체인 'PF' 를 설립, 이후 의료 기술 발전을 이유로 이노베이션 엠파이어와 신인류혁명동맹의 생존자들과 접촉했으며 이후 이노베이션 엠파이어의 대표 생존 그룹인 자일 가(家)의 협력체제를 완성하여 단순한 의료지원 기관에서 벗어나 대 괴수연구기관으로 탈바꿈한다.

이후 신인류혁명동맹의 생존 그룹인 레온하르트 가(家)의 협력으로 괴수교전권을 획득, '기사단'으로 이름을 변경한다.

우주력 233년 여왕괴수 E-12와 영식 잉그릿드의 습격으로 인류의 마지막 희망인 대규모 생활이민함선 아이온이 파괴된다. 마더나이트는 거의 유일한 상위괴수 대응무기인 AB소드를 공개, AE에 협력요청을 하였고 기사단과 AE의 첫 합동작전으로 여왕괴수 E-12와 영식 잉그릿드 격파에 성공한다.

이후 기사단은 연합과 AE의 지원을 받아 동서남북 4개의 기사단 지부를 설립하고 DC소자 기술을 복원해 인류는 여왕괴수의 출현에 대응할 수 있게된다. 그리고 괴수들의 생체워프마커를 제거하는 '오퍼레이션 클리어라인' 작전으로 반격을 시작한다.

오랜 전쟁끝에 우주력 300년에 이르러서 여러 작전성공과 괴수전에 공동 대응 메뉴얼 확립 등 기사단과 AE의 활약으로 인류는 성계에 어느 정도의 방위권을 형성한다. 이에 대응하여 괴수는 대규모 행성침식에서 소규모 단독 기습 침식으로 전투양상을 변경한다. 

우주력 368년 E-33 여왕괴수와 최초의 S급 영식 사탄 출현, 이전 영식 괴수와는 차원이 다른 강함에 전황은 악화되어간다. 침식 진행으로 괴수의 침략요새 '푸른꽃'이 최초로 등장해 인류를 괴멸적인 상황으로 몰아붙인다.

대규모적인 손해 후 E-33 여왕괴수와 영식 사탄 제거, 푸른꽃도 제거하는데 성공하나 그 잔해가 곳곳을 침식, 괴멸적인 손해를 입은 연합은 제대로된 대응을 하지 못한다. AE와 기사단은 병력의 대부분이 손실되고 방어라인도 축소된다.

E-33전을 계기로 각 성계에서 초월작인 강자들을 냉동수면으로 보관 해 비상시를 대비하는 제도인 초월자 냉동 시스템 '콜드히어로' 제도를 본격 도입한다. 

중앙기사단이 위치한 아린성 방위군 소속 잭 노튼 소장에 의해 노튼 프로젝트가 시작된다. 각 성계간 정비나 보급체계가 달라 연계작전 시 손발이 따로 놀아 괴수전에 대응이 어려운 상황을 개선하기 위해 전 성계 공통 플랫폼을 구축, 통일규격의 함선 생산이 목적이었다. 

주력 우주 순양함인 노튼급 그리고 대형 순양함인 타이탄급 전함이 생산되고 이를 이용한 신 함대의 활약으로 인류의 방위권을 재형성한다.

한편 괴수는 더욱 세분화된 단독플랜트를 이용한 소규모 침략전으로 양상을 바꾼다. 각지의 상위괴수의 게랄라전에 의해 극심한 소모성 국지전이 지속되고 대 상위괴수 병력인 기사의 극심한 소모가 시작된다.

우주력 418년 E-33전으로 방어선이 후퇴한 인류는 신 게이트 운용과 관측시설을 이용한 절대방위권을 계획했고 이를 위해 괴수를 향한 총력전을 시작한다. 

우주력 423년 엘리스계열 여왕 E-99, E-101, 최초의 SS급 쌍둥이 영식 크로스아이 알파 & 베타가 출현한다. 15년간 전 성계 상위괴수 출연 수 보다 많은 천 여 기의 상위괴수와 SS랭크 판정을 받은 두 기의 영식, 콜드히어로가 봉인된 수정궁이 벨치스 행성에 있었기 때문에 콜드히어로 해동 불가라는 최악의 조건으로 벨치스전 생환률은 0.01% 가 되며 E-33전을 이어 이 전쟁으로 연합의 전 전력 1/3에 해당하는 137개 함대 전멸, 기사 사망자 수 세자리 돌파, 5개 행성과 15개의 자원소행성 침식이라는 괴멸적인 상황이 벌어진다.

그리고 이 지옥같은 전쟁은 벨치스 7영웅에 의해 여왕괴수 E-99, E-101, 영식 크로스아이 베타 격파로 인류의 승리로 끝난다.

벨치스 7영웅 중 한명인 앤 마이어에 의해 대 괴수 연구기관인 P.P.P.가 설립된다. 의회와 AE는 P.P.P.와의 협력으로 전술안 재수립, 남은 전력을 모두 쏟아 넣어 괴수의 남은 워프마커와 주요 성계 내부 괴수전에 총력, 절대방위선 완성에 전력을 가한다.

우주력 430년 보이드전을 마지막으로 수많은 전쟁 끝에 절대방위권 확립에 성공한다. 이를 기념하기 위한 '인간의 시대' 가 선포되고 전 성계는 대대적인 행사를 시작한다.

직후 인류 최악의 전쟁 '기도전쟁' 이 시작된다.

인류를 지키던 기사단의 본부인 중앙기사단 궤멸, 마더나이트 실종, 아린성 침식을 시작으로 인류 주요 군사거점인 발티아, 나리카파, 달티아, 푸안 4개 행성을 폐기시킨다. 출현 직후부터 거대한 피해를 입은 인류는 콜드히어로 전원을 포함한 인류 최후 최대의 전력을 끌어모으고 절대방위권 확립을 위한 연전의 피해를 수습하지도 못한 채 또 다시 총력전을 재개한다.

아린과 중앙기사단이 궤멸함으로 붕괴된 기사단을 대신하여 드라이 레온하르트가 동부기사단을 주축으로 와해된 기사단 잔존 세력과 친 기사단 성향의 AE 부대를 규합하여 신연맹을 구성한다.

기사단의 중심인 중앙기사단을 침식해 당시 개발중이던 최첨단 기술을 모두 흡수했고 중앙기사단 거점으로 사용하던 옛 대전쟁 시절 노바급 축퇴로 탑재 요새인 아발론 활성화 및 요새의 에너지를 이용해 수천기의 상위괴수, 수백척의 괴수함, 수십기의 푸른꽃을 생산해내며 인류 세력을 압도할 정도로 병력을 구성하지만 벨치스 7영웅 중 드라이 레온하르트, 앤 마이어의 활약으로 여왕괴수 E-34 제거에 성공한다.

여왕괴수 및 제 2 영식 블루비틀의 제거, 제 1 영식인 피어의 실종으로 지휘력 및 생산력이 저하됬으나 침식된 행성의 괴수플랜트의 활동 및 잔존괴수의 전투활동은 여전하기에 전쟁은 지속되었다.

우주력 431년 기사단의 연구 실험 시설이 집결되어 있는 토발 행성에 2번 푸른꽃 침입, 콜드히어로의 활약으로 푸른꽃을 격추하나 토발 각지에 잔해가 떨어지며 2차 피해 발생, 전 대륙의 85% 오염으로 대륙 전 구역에 핵샤워를 가한다. 그 결과로 토발 행성 내 리안 국가 외의 모든 국가가 소멸한다.

계속되는 전쟁 중에도 드라이 레온하르트에 의해 구성된 신연맹에 의해 세계 통합 정부 수립안 제정, AE 통합 절차가 진행된다. 이에 반발하여 반 신연맹, 반 기사단 세력이 속속 결집한다.

토발에서 일어난 기사의 폭주 사건으로 반 기사단 여론이 점차 확산, 대표적인 반 기사단 인물인 로버트 넬슨이 토발 행성 통합 정부의 대통령으로 당선되며 반 기사단 운동이 각지에서 발발한다. 영식 히페리온, 푸른꽃 격추 당시 살아남은 괴수 잔존 세력의 연합이 토발 행성을 공격하나 기사단 투입 없이 자체적으로 식 2기의 괴수를 제거하며 토발은 반 기사단, 반 신연맹 세력의 구심점이 된다.

하지만 계속된 괴수의 침공으로 토발의 전력은 상당부분 소실되어 궤멸한것이나 다름없는 상태가 되어버렸으며 신연맹의 분열을 우려한 드라이 레온하르트의 빠르고 강압적인 대처로 로버트 넬슨 사망, 반 기사단 AE 장성 및 소속 함대까지 일망타진하여 반대파는 구심점을 잃어버린다.

곧이어 반발하는 5개 행성을 차례로 무력 개입하여 해체, 드라이 레온하르트는 기사단, AE를 포함한 전 인류 무력기구 통합 동맹군 'AL' 을 정식 출범한다.

E-34 여왕괴수 출현 이후 2년간의 전쟁 끝에 푸른꽃 4기를 격추하나 연합함대 80% 괴멸, 나머지 푸른꽃은 은하계 외곽으로 퇴각, 명령권을 가진 지휘개체가 존재하지 않기에 재공격의 위협은 적은걸로 판단, AL의 승리로 끝을 맺는다. 

AL에 통합된 서부와 동부기사단과는 달리 북부기사단이 정통성을 버린 AL에 반발, 아린성의 중앙기사단 본부였던 코어템플과 관련된 분쟁이 일어나 과수 제압을 위한 아린성 폭격에서 북부기사단 소속 기사 다수가 사망하는 사건이 발생한다. 

AL에 의해 무인 행성관리 시스템인 스퀘어 오브젝트 프로젝트 실시, 행성관리와 함께 유일한 세계정부 수립을 천명한다. 이에 반발한 북부기사단이 아린성을 무력점령, 반 AL 세력의 결집 후 AL에 선전포고, 전쟁이 발발된다.

구 기사단 연합은 과거 S급 영식 사탄의 무기였던 경계병기를 회수, 이를 활용해 아린에 진입하여 경계병기로 AL 함대병력을 전멸시키고 기사들 역시 순식간에 제압한 뒤 코어템플에서 기사단의 재건을 선포한다. 직후 AL에 반감을 가지고 있던 4개 성계의 함대가 합류했으며 나중에는 AL의 일부 가입국들마저 이탈해 구 기사단 연합쪽에 합류하기 시작한다.

2세기 넘게 인류의 희망이였던 아린에서의 농성은 신생조직인 AL을 뒤흔들기에 충분했으며 경계병기로 피해없이 다수의 스퀘어 오브젝트와 AL의 함대를 전멸시킨 경이로운 전과 또한 AL의 무력과 대안에 대한 의구심마저 터트리게 했다.

엎친데 덮친 격으로 절대방위선의 한 축을 담당하는 철의 기사단에서 주력 요새인 더티볼트 2기를 이끌고 구 기사단 연합에 합류하고, 그들이 빠진 방어선을 막기 위헤 AL은 스퀘어 오브젝트와 3개 함대를 차출함으로서 마침내 함대 병력마저 비슷한 수준에 이르게 된다.

AL은 콜드히어로 투입을 위해 수많은 함대로 연막 작전을 펼치고, 그 틈에 7시리즈 함선으로 위성들을 워프시켜 구 기사단 연합의 기함을 유도하는 작전을 펼친다. 그렇게 유도되어 경계병기가 위성을 파괴한 틈을 타 기함을 고립시키고 콜드히어로들을 아린에 투입시키는데 성공한다.'

한편 P.P.P.의 대표 앤 마이어는 사명을 아이기스로 개칭 후 구 기사단 연합과 AL의 인류내전에 의한 피해의 규모를 최소화하고자 제 3의 세력으로 참전을 시도한다. 각 세력을 견제하며 전황을 어중간한 상태로 만들지만 구 기사단 연합 대표인 리아 자일이 폭주하며 포로조차 받지 않는 섬멸전을 진행하자 더 많은 사람을 구하기 위한 판단 아래 리아 자일의 암살, 수뇌부 중 하나인 가로우 라타를 사살하고 뒤이어 콜드히어로들이 나머지 수뇌부들을 사살하며 AL의 승리로 내전을 종결시킨다.

앤 마이어는 리아 자일의 암살 및 구 기사단 연합의 궤멸 책임을 자청하며 짐으로서 AL과 구 기사단 연합의 반발 정서가 꽤 희석되고, 양 세력은 아이기스가 책임을 진 대가로 제시했던 숙청 없는 융합 정책에 따라 서서히 통합을 이루어갔다.

종전 후 AL은 생산 및 관리가 각 성계별로 다원화되어 매우 비효율적이였던 기존의 체계와는 달리, 단 하나의 중앙정부를 필두로 완전히 일원화된 군수계통을 갖춰 훨씬 효율적인 체제를 갖추게 되었다. 이를 바탕으로 기도전쟁 당시보다 수십배의 생산시설을 갖추고 엄청난 군사력 증강을 이룩했다.

또 다른 전투력 기준인 기사 전력 역시 증가했다. 생산량이 굉장히 한정된 AB소드를 대체하는 M4소드를 개발, 양산에 성공함으로써 기사들을 제한없이 보유할 수 있게 되었다. 또한 레이븐 슈츠를 도입함으로써 기사전력의 질과 범용성을 높였으며 전투 시 다수의 양산 키메라와의 연계하는 전술을 바탕으로 기사 생존율도 올렸다.

괴수의 병력에 압도당했던 기도전쟁에 대한 콤플렉스로 시작된 군사력 증강은 대전쟁시절을 뛰어넘을 정도로 사상 최강의 무력을 갖추었다.

더이상 콜드히어로같은 영웅이나 소수의 기사같은 특별한 자들이 아닌 발전한 기술과 대량생산된 무기, 완성된 시스템으로도 괴수를 물리치고 안정적인 방어권을 형성한 AL은 괴수의 완전한 소멸을 위해 인류 역사상 처음으로 괴수의 근원지에 대한 공격에 나선다.

AL이 공세를 취하자마자 이에 반응하듯 괴수 또한 종과 세대를 불문하고 연합함대를 구성하여 앞길를 막지만 인류 최강함대답게 단 한대의 전함 손실 없이 괴수 함대 전멸에 성공한다. 하지만 전투가 벌어진 장소는 지도의 첫번째 통과점인 워프포인트였고 전투가 진행되는 동안 갑작스럽게 워프불가지역이 넓어지고 있었다.

워프의 조건은 확실성, 도달해야 할 장소에 게이트나 워프마커가 없으면 오차는 커지고 거리가 멀수록, 항로 데이터가 없을수록 워프특정이 불가능해지며 함대에 반응하듯 결계현상이 발생하여 항로가 막히고 있는 상황이지만 기함 테라브레이커의 노바 엔진을 이용한 항로 탐색 결과 7일 1321번 연속 워프 시 돌파 가능한 항로를 찾는다.

아공간 워프 특성 상 외부에선 간섭할 수 없었기에 습격 가능성이 아예 없어 경계수준을 낮추고 편안하게 항해하던 중 기함 로직레이더 AI가 외부 공격을 감지하고 강제로 전투태세에 돌입한다.

갑작스런 습격과 정체불명의 공격에 제대로된 대응을 하지 못하고 기함 테라 브레이커는 함대와 이탈하여 변동중력원 외벽에 파묻힌다. 유기체인 괴수와는 달리 무기질의 미사일, 유동합금, 해킹과 전자전 등 마치 병기같은 모습을 가진 적이지만 뛰어난 기함 성능과 드라이 레온하르트의 무력으로 적 제압에 성공한다.

지금껏 괴수를 지휘해온 '관측형 서브프로그램' 이라는 적은 괴수와는 달리 말을 하며 항복권고를 하지만 드라이 레온하르트는 이를 무시, 적을 후퇴시킨다.

하지만 워프 중 발생한 전투에 의해 기함 테라브레이커는 변동중력원 외벽에 파묻히게 되고 함대로부터 이탈, 알 수 없는 항성 근처에 도착한다.

200만km급 2등성 항성은 내부엔 증식로, 항성 에너지를 공급받아 병기 생산 시설이 배치된 일종의 공장이 있으며 과거 4대 세력 시절부터 수백년간 생산된 압도적인 수량의 병기들이 테라브레이커를 맞이한다.

하지만 이 병기들은 노심 개발 이전 구시대 기술로 만들어져 인류 최신 최고 기술이 집약된 테라브레이커에 유의미한 피해를 입히지 못하고 테라브레이커 1기로 증식로까지 돌파, 파괴에 성공한다.

그리고 그 증식로에 표시된 소속명이 있으니 그건 바로

4대 세력 시절 공동의 적이였던 지구제국의 과거 이름 UN이였다.

괴수 근원지 탐색으로 나섰지만 적 활동 확인으로 작전목적을 조사에서 격퇴로 변경, 지구제국과 괴수의 연관성을 공식 인정하고 적대, 지구 공격을 위한 어스스트라이크 작전이 본격적으로 시작된다.