문민정부 후반기에도 대일관계 악재가 잇따랐다.
1996년 시작된 한일 어업협정 개정 협상은 배타적경제수역(EEZ)의 경계 획정 문제와 독도 영유권 문제가 맞물리면서 양국간의 공방으로 이어졌다.
결국, 일본은 1998년 1월 한일 어업협정 파기를 일방적으로 선언하기에 이른다. 한국이 국제통화기금(IMF) 사태로 일본의 금융지원이 필요한 상황임을 이용했다는 비난이 일면서, 대일관계가 더욱 경색된 가운데 문민정부도 임기를 마무리했다.
문민정부의 대일외교는 사회당이 참여하는 연립정권 수립 등 일본 내 정치적 환경 변화와 맞물려 적지 않은 성과를 냈지만, 감정적인 대응으로 관계 경색을 불러왔다는 비판도 받았다.
과거사 문제가 양국의 본격적인 외교 쟁점으로 자리 잡기 시작했다는 점에서 문민정부 시기는 현재와 같은 한일관계 패턴을 만든 '분기점'이 됐다고도 할 수 있다.
한편, 문민정부는 세계화를 핵심 가치로 하는 이른바 '신(新)외교'를 표방하며, 탈냉전 시대에 맞는 외교의 방향 전환을 의욕적으로 모색했던 것으로도 평가된다.
특히 '선진국 클럽'인 경제협력개발기구(OECD)에 1996년 29번째 회원국으로 가입했고 세계무역기구(WTO)에도 1995년 발족 당시부터 회원국으로 참여했다.
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