태초에는 광활하고 기름기 많은 혼돈의 바다밖에 없었다. 이 혼돈의 바다에 온갖 요소들이 뒤섞여 잇었다.

 하늘에서 이 바다를 내다 보던 세 신령이 세상을 창조하기로 결정했다. 신령들은 이자나기(イザナミ)와 이자나미(イザナミ)를 비롯해 많은 남신과 여신들을 만들어 냈다. 신령들은 이자나기에게 세상을 창조하라며 보석으로 장식된 마법의 창을 주었다.

 이자나기가 창을 바다속에 넣고 휘휘 돌렸다. 이자나기가 혼돈의 바다에서 창을 꺼내 보니, 창 끝에 바닷물 몇 방울이 응결되어 있었다. 그방울들은 도로 바다 속으로 떨여져 오오야시마(おおやしま)가 되었다.

 이것이 현제의 일본 열도가 된다. 그리고 이자나기와 이자나미가 다른 섬들을 낳는데 이것이 혼슈, 시코쿠, 규슈등 의 다른 섬들을 이루었다.

그후 이자나기(いざなぎ)와 이자나미(いざなみ)는 여러 신들을 낳는데 화(火)신을 낳던 중 이자나미가 죽게된다. 이자나미는 죽어서 요미노크니(よみの 國)에 가게되는데 이자나미의 죽음을 슬퍼한 이자나기는 이자나미를 찾아 요미노크니까지 찾아가 요미노크니를 다스리는 신과 요미노크니를 빠져나가는 좁고 긴 터널을 이자나미의 얼굴을 보지 않고 빠져나간다는 조건으로 이자나미를 데려나오게 되지만 터널을 다 빠져나오기 전에 이자나미는 그만 뒤를 돌아보고 만다. 

그후 이자나미는 다시 요미노크니로 돌아가게 되고 거기서 죽음의 신이 된다. 이자나기는 슬픔을 견디지 못해 바닷가를 거닐던중 왼쪽눈에서는 아마테라스가, 오른쪽 눈에서는 쯔키유미가 코에서는 스사노오가 태어난다. 그중 코에서 태어난 스사노오는 자라면서 타카마노하라(高天原)에서 방탕한 생활을 한다. 이를 보다 못한 누나 아마테라스오오미카미(天てらす大神)는 스사노오에게 일본을 통치할것을 약속받지만 그후로도 스사노오는 약속을 지키지 않고 계속 방탕한 생활을 하자 아마테라스는 화가 나서 동굴로 숨어버린다.

 태양의 신이 숨어버리자 세상은 암흑으로 덮히고 다른 신들이 스사노오를 추방하고 아마테라스를 동굴에서 나오게 한다.

 스사노오는 이즈모노크니(出雲國)로 내려가 사람들을 괴롭히던 머리가 8개 달린 큰뱀을 죽이고 여기에 나라를 세운다. 그리고 스사노오를 돕기위해 아마테라스는 그의 후손에게 벼를 가져다 인간에게 주고 농사짓는 법을 가르치게 한다. 

그러던중 돌연히 스사노오가 어디론가 사라져 버리자 타가마노하라에서 천손인 호호니니기가 5부신과 함께 강림해서 그 땅을 다스리고, 그를 천황이라 부르게 되었다. 그리고 초대 천황은 137년, 10대 천황이 168년간 장수한다.