일부에서는[2] 민족문제연구소의 일부 구성원들의 경력과 성향을 근거로로 민족문제연구소를 편향된 시각을 가진 단체라고 보고 있다.

우선 위에 언급한 3대 소장 임헌영의 경우, 그의 부친은 보도연맹 학살사건으로 사형당했고, 4형제 역시 좌익 활동으로 사형당했으며, 임헌영 본인 또한 남민전 활동으로 징역살이를 하였다.

이외의 민족문제연구소 소속 인물들을 살펴보면, 연구위원으로 활동했던 강정구는 "6.25 전쟁은 통일 전쟁이고 미국이 도와주지 않았으면 전쟁 기간은 1년도 안 됐을 것이며 사상자는 1만 명이 채 되지 않았을 전쟁"이라고 발언해 논란을 샀으며 2001년 북한 만경대를 찾아가 만경대 정신 발언으로 국가보안법에 의해 구속기소된 이력이 있는 인물이다.링크 또 멋대로 조병옥을 친일파로 분류하여 논란을 샀으며 미국을 주적으로 삼자는 발언을 하기도 하였다. 링크

민족문제연구소 소속 지도 위원이었고 지금은 작고한 김남식은 김일성 영생론을 이야기해 논란이 됐었다.

민족문제 연구소가 숙원의 사업으로 삼았던 친일인명사전의 편찬위원장을 맡은 윤경로 및 고문 변호사인 이석태, 김승교, 이정희는 낮은 단계의 연방제를 주장하기도 했다.