1992년 소련 해체 이후에도 강경파 공산주의자이던 라흐몬 나비예프가 계속 공산주의 일당독재 정치를 펼치자, 수도인 두샨베를 중심으로 반정부 민주화 시위가 일어남. 혼란을 틈타 탈레반 등의 지원으로 반공 이슬람주의자들이 반군을 조직해 공산당 정부를 퇴진시킴. 그리고 당시엔 소련 해체 말기에 아프간에서 탈레반 얘들 올라와서 수도하고 그 근처만 정부 통제 하에 있었고 나머지 지역은 사실상 탈레반 지배 하에 있었음. 타지키스탄이 아프간 급 산악국가라...


근데 아무리 러시아가 망해도 3대는 간다고, 말 안 통하는 이슬람 꼴통보단 말 좀 통하는 빨갱이 새끼들이 낫다고 공산당 정부를 지원함. 이어서 우즈베키스탄, 키르기스스탄, 카자흐스탄도 공산군을 지원. 반군 측도 아프가니스탄, 이란, 탈레반, 파키스탄, 알 카에다 등의 지원을 받아 공산군한테 열심히 덤벼듬. 즉. 공산당 정부군 vs 이슬람 원리주의 반군이라는 막장 of 생막장 상황. 이래서 꿈도 희망도 없던 타지크 인민들은 600만 인구 중 120만명이 아프간, 우즈벡, 카자흐 등지로 탈주함.


결국 보다 못한 러시아 정부가 1996년 직접 내전에 개입하면서 반군은 테러단체 수준으로 몰락하게 되고, 1997년 러시아 주도로 평화협정이 맺어짐. 1998년이 되자 공산주의자였던 에모말리 라흐몬 대통령이 타지키스탄 전역의 통치권을 장악하게 되면서 이슬람주의 정당은 모두 불법화되고, 히잡 착용 금지, 청소년들의 모스크 출입금지 등 반이슬람적인 정책을 펼치며 이슬람주의 반군들은 아프간으로 망명, 2001년 아프간 전쟁이 터지면서 미국에 의해 대부분 사살되었다고 전해짐/