집단지성을 자랑하고 있는 나무위키. 하지만 나무위키는 오래 전부터 자유 따위는 없었다. 나무위키에는 "나뮈병"이라는 존재들이 토론장을 장악하고서는 이른바 "프로토로너"가 되고 말았다. 프로토로너는 프로+토론+~어(~er)를 결합한 말로, 시간이 매우 남아돌아 컴퓨터 앞에만, 폰 앞에만 앉아있으면서 토론에서 시간을 끄는 자들을 말한다. 

나무위키의 또 다른 문제점으로 명예훼손 사례가 계속 나온다는 것이다. 나무위키는 리그베다 위키 사유화 사태 때 리그베다 문서를 그대로 크롤링하여 만든 사이트로, 2015 여성시대 대란 때 큰 활약(?)을 한 것으로 알려지자 그 명성을 키워갔다. 리그베다 위키는 성인물 게시와 인물 문서 게시를 금지하였는데, 성인물 게시와 인물 문서를 통한 명예훼손이 대한민국에서 금지되어 있기 때문이다. 하지만 나무위키는 리그베다 위키로부터의 소송을 회피하기 위해 대한민국이 아닌 파라과이에 세움으로써, 대한민국 헌법으로 자유롭게 되자, 성인물 게시는 물론 인물 문서를 게시하여 명예훼손을 저지를 틈을 만들고 만 것이다.

결국 리그베다 위키로부터의 부정경쟁방지법 위반 혐의로 인한 소송을 회피하기 위해서 나무위키가 파라과이에 서버를 세운 것이, 대구 출신인 리뷰왕 김리뷰, 전 아프리카 BJ이자 현 트위치 BJ인 렐라, 리듬게임 프로게이머 장 모 씨, 철권 7 프로게이머 배 모 씨에게 피해를 주는 것으로 악화되고 만 셈이다. 하지만 이런 일은 나무위키에서 매우 비일비재한 일이다. 나무위키 투명성 보고서에는 나무위키 측의 명예훼손에 의해 피해를 받은 사람들 혹은 회사들이 나무위키에 탄원서를 제출하고 있다. 명예훼손을 기본으로 하는, 극단주의 남성혐오 커뮤니티인 메갈리아와 다를 바 없게 된 나무위키가 살아남기 위해서는 성인물 문서를 폐기하고, 인물 관련 문서를 전부 폐기하는 것은 물론, 성숙한 토론 문화를 조성할 수 있도록 해야 할 것이다.