조선시대에 화주시 일대는 화주군과 매천현으로 나뉘어 있었다. 이 때는 화주가 매천보다 규모가 더 컸다.

일제강점기 부군면 통폐합 시기에는 화주군, 재령군, 매천현이 통폐합 되어 재령군이 되었다. 하지만, 경의선 철도가 매천면 화천리를 지나가도록 설계가 되어 매천의 인구는 늘어나고 1938년에는 매천읍으로 승격이 되었다. 

6.25 전쟁 후 1963년 황해도 해주, 송림, 사리원, 매천이 개발지역으로 지정되어 1973년에 매천읍(중구•인선)이 매천시로 독립되어 재령군에서 분리됐다.

1985년 재령군 송암읍과 이수면이 매천시 송암구로 편입되면서, 재령군과 단절되면서 재령군의 월경지가 되어 화천면, 화주면, 계동면, 계서면, 호북면(호북•한천), 장수면(장수•호남), 갈원면은 화주군으로 독립을 하고, 화천면은 화천신도시 인구 유입으로 인하여, 인구 5만명을 넘겨 화천읍으로 승격을 했다.

1989년에 직할시가 된 매천은 1996년엔 인구 200만을 달성, 매천의 인구 증가로 화천읍의 화천신도시또한 인구가 폭발적으로 늘어나 같은 해에 화주군에서 독립해 화천시가 되면서 오늘날의 화주군이 되었다. 

화천읍이 시로 승격되는 해에 화주면도 화주읍으로 승격했고, 장수면에서 호남면이 분리되었다.

1998년에는 인구 5만명을 재돌파하였고, 군청의 홍보로 인구가 약간씩 늘고 있는 추세이다. 또한 호북면의 생활권을 이유로 한천면이 호북면에서 재독립하였다.