크흠재단에서 내분이 발생한 지 얼마 안되어, 크흠재단의 등록금 지지파들이 크흠재단에서 탈퇴선언을 했습니다. 등록금 지지파를 대표하는 어느 인사는 "대학교 총장까지 장학금을 안 주겠다는 대학이 존재할 자격이나 되는가"라면서 크흠재단에서 탈퇴선언을 했고, 등록금 지지파 8명이 빠지면서 크흠재단의 이사진들도 30명에서 22명으로 줄어들었습니다. 등록금 지지파들은 자신들만의 대학교와 재단을 만들어 제대로 된 대학교를 만들겠다고 밝혔으며, 전북 지역에 있는 서남대학교를 인수하거나 새로운 대학을 건립하면서 독립 법인으로 서겠다고 이를 이어갔습니다.

크흠대학교 학생들 중에서도 대학교 등록금을 요구하던 학과생들도 단체 자퇴선언을 준비하고 있지만,  전체 학생들이나 학과 수에 비하면 그 수가 많지 않아 크흠대학교에게 큰 타격은 되지 못하리라는 분석이 나오고 있습니다.